二战期间，一只日本部队在某处海岛地下修了一处秘密基地，等待将来时机成熟。
于此同时，另外一个高科技组织，就在他们旁边也修建了海底基地。
一天，少年出游，回基地的时候，发现身后有不明生物跟踪，进入基地后就告诉ai，如有闯入基地入口的格杀勿论。
这时，正好休眠仓里带出来一个战士，和少年一起上岸，就发现海岛已被一个巨大的蘑菇生物守在门口。
战士一出来，蘑菇就变成怪兽打晕了他，少年就问怪兽为啥把他的人打伤，怪兽不理，恢复了原型，守在了岸口。
少年，拖着队友下水，进入海底基地，把他拖到休眠仓恢复，这是日本部队那边派出去一个机器士兵，准备上岸。
几个队友来带一处新岛，准备再修一个海底基地，却发现这个岛屿已经有居民了，然后分工去城镇打探情况，一对留着岸边修建基地。